Anfang der 80er Jahre mit dem Studium der Rechtswissenschaften begonnen, begann Martin Huber seine berufliche Laufbahn als Referent im Bezirksamt Altona (1988). Nach kurzen Stationen am Senatsamt für den Verwaltungsdienst, behördlicher Rechtsabteilung für Schule, Jugend und Berufsbildung, sowie der Baubehörde begann 1990 eine erneute Zeit am Rechtsamt des Bezirksamtes Altona.

Von 1994 bis 2005 war Martin Huber Abteilungsleiter in der Baubehörde, genauer im Baurechtsamt „Recht der Verkehrsanlagen, Verkehrsgewerbeaufsicht“. Es folgte die Leitung des Rechtsamtes der Behörde für Stadtentwicklung und Umwelt.

Seit 2012 ist er nun Leiter des Amtes für Verkehr und Straßenwesen der Behörde für Wirtschaft, Verkehr und Innovation (BWVI).